Enfin... qué puedo decir que no haya dicho ya...
Seguimos sin saber si tus baterías está a la altura porque no nos has contado "cuánto zumba" dándole gas progresivamente con él sujeto (si hay un momento en que deja de seguir subiendo de vueltas). Es decir, sigues queriendo llevar una configuracón muy "límite" pero sin medir nada, ni científicamente ni "no-científicamente".
Pero tampoco hace falta: lo que te ha pasado es lo que tenía que pasar. Los variadores no tienen el mismo rendimiento en todas las posiciones de gas, y con poco gas suelen calentarse MAS. Si insistes en llevar una configuración "mala" y crees que lo corriges dando poco gas, pasa esto: el variador se calienta, calienta el BEC que lleva dentro, el BEC llega a cortar por temperatura, y te quedas sin motor y sin radio. ¿Te suena? Esto puede llegar de golpe o "intermitente", ya depende de cada caso.
Ya me extraña que tire tan poco con 2s, pero si lees te comenté que lo probaras con 2s Y una hélice algo mayor (6x6 por ejemplo).
Por cierto quizás el FJ se "arregle" con agua hirviendo y masaje (aunque ya no es lo mismo, pero allá cada uno), pero tu variador, y sobre todo tu lipo ten claro que con estas palizas ya no son la misma cosa.
Reflexiona, haz las cosas bien, y entonces disfruta de este pajarito que merece la pena.