No mencionas que tipo de software controlador utilizan, pero supongo que utiliza
codigos G estandar (G_CODE), Hay varias formas de producir g_code desde un
PCB, el programa que uso se llama EAGLE (no estoy seguro si puede importar archivos gerber o excellon ya que nunca los he utilizado) pero puede producir G_CODE para utilizarce en cualquier maquina que utlice este formato.
Una de las maneras de hacerlo es utilizar unos comandos internos del programa
( ULP ), el cual puedes obtener inscribiendote a este foro de yahoo:
http://groups.yahoo.com/group/pcb-gcode/
En el foro hay bastante informacion del mismo y de como utilizarlo, es bastante configurable asi que se puede adoptar a diferentes maquinas, posee varios postprocesadores quizas alguno de ellos funcione con su equipo.
Esto supone que empezarias desde cero en el EAGLE diseñando el esquema y el PCB si no es el programa que usan.