en principio si seria razonable pensar que va a darte menos velocidad ( los motores tienen una caracteristica que es las Kv - revoluciones por voltio suministrado que dependen del tamaño, bobinado, fuerza magnetica de los imanes .......) pero en concreto creo que por construccion, las bicicletas electricas tienen unos sensores de posicion para que el controlador sepa que bobinado alimentar para seguir funcionando, esto unido a que son normalmente para asistir al pedaleo, hara que no tengas problema de la velocidad ya que es el variador el que la controla, no es como nosotros, que le intentamos 'meter caña a tope' , si le estas pidiendo al acelerador que la bici vaya a 40 Km/H le mandara los impulsos necesarios para que el motor de las revoluciones ( este alimentado a 24 o 36 , si es posible que ( en un caso hipotetico que quisieras arrancar de parado y en custa
) tengas un problema de sobrecalentamiento sobre el modelo de 24 v , el bobinado del de 36 sera con mas espiras y menor seccion de cobre, y para suministrar los mismos watios necesarios, necesitaria 'chupar' mas amperios a menos voltios, aun asi, estan creo lo suficientemente sobredimensionadas para que no lo notes demasiado.
otro tema es la duracion de las baterias, en la tuya de 24v 9A tienes una capacidad de trabajo determinada y si montaras una de 36v 9 A estarias aumentando esa capacidad un 50% sobre la anterior (mas Km de distancia) , aparte de que si consideramos que a los dos motores les estuvieramos solicitando los mismos watios ( 250W), la de 24v trabajaria mas duro para darte los amperios necesarios (10,4 A) y se calentaria internamente mas que la de 36 ( 6,9A).
lo de que modifique el controlador de 36 para que funciones a 24, no creas que es muy complicado, son modelos mas o menos estandar fabricados genericamente y los modifican con jumpers , la electronica es la misma.
ya comentaras como te resulta
saludos